Rote Listen der Tiere, Pflanzen und Pilze dokumentieren auf wissenschaftlicher Grundlage und in verdichteter Form die Gefährdung der einheimischen Arten. Damit sind sie ein stets verfügbares Fachgutachten, eine Argumentationshilfe für umweltrelevante Planungen und ein Frühwarnsystem für die Entwicklung der biologischen Vielfalt. Sie zeigen den vordringlichen Handlungsbedarf im Artenschutz auf und helfen auf politischer Ebene abzuschätzen, ob die Ziele der „Nationalen Strategie zur biologischen Vielfalt“ erreicht werden. Diese will die Gesamtheit wildlebender, einheimischer Arten bewahren, und zwar nicht nur in einzelnen Schutzgebieten, sondern in möglichst großen Ausschnitten der Landschaft. Nicht zuletzt machen die Roten Listen anhand ihrer Lücken auf einen erhöhten Monitoring- und Forschungsbedarf aufmerksam.
Rote Listen werden jeweils für bestimmte Organismengruppen von unterschiedlichen Expertengruppen erstellt, es gibt also beispielsweise eine Rote Liste der Säugetiere, eine Rote Liste der Bienen oder eine Rote Liste der Großpilze usw. Mittlerweile liegen Rote Listen auf Bundesebene für mehr als 60 unterschiedliche Organismengruppen von Tieren, Pflanzen und Pilzen vor. Im Übrigen erfassen sie nicht nur die gefährdeten, sondern jeweils alle Arten der jeweiligen Organismengruppen; es handelt sich also um vollständige Inventarlisten der in Deutschland vorkommenden Biodiversität.
Von den etwa 72.000 in Deutschland einheimischen Tier-, Pflanzen- und Pilzarten wurden im Rahmen der Rote-Liste-Erstellung rund 37.000 auf ihre Gefährdung hin untersucht. Da sich die Gefährdungssituation im Laufe der Zeit verändern kann, kurzfristige Populationsschwankungen jedoch nicht abgebildet werden sollen, werden Rote Listen in einem etwa 10-jährigen Turnus aktualisiert.
Rote Listen sind gleichzeitig Gesamtartenlisten, das heißt, es werden alle in Deutschland vorkommenden Arten der jeweils behandelten Artengruppe aufgelistet und hinsichtlich ihres Etablierungsstatus bewertet. In den Roten Listen finden sich daher unter anderem auch sogenannte Neobiota, die durch den Einfluss des Menschen in Deutschland vorkommen. Der kontinuierlich zunehmende Kenntnisstand zu den Arten wird ebenfalls in Roten Listen abgebildet und dokumentiert, sodass die Roten Listen wichtige Informationsquellen und wissenschaftliche Grundlagen zur weiteren Erforschung der Arten darstellen. In den Tabellen der Roten Listen finden sich detaillierte Informationen zum Gefährdungsstatus, zur taxonomischen Zuordnung, zu artspezifischen Besonderheiten. Einige Angaben, wie z.B. zur Verantwortlichkeit Deutschlands zum weltweiten Erhalt der Art, können nur für einen Teil der bewerteten Arten geleistet werden. Oftmals fehlen hier ausreichende Datengrundlagen, da hierfür Informationen zum weltweiten Verbreitungsgebiet oder auch der weltweiten Gefährdung der Art relevant sind.
Die Gesamtkoordination und Redaktion der Roten Listen Deutschlands liegen seit 2019 in der Hand des Rote-Liste-Zentrums. Herausgeber der Roten Listen ist das Bundesamt für Naturschutz.
Als elektronische Publikation zum kostenlosen Download stehen folgende neue Rote Listen zur Verfügung: Amphibien, Binnenasseln, Heuschrecken, Phytoparasitische Kleinpilze, Reptilien, Säugetiere, Süßwasserfische und Neunaugen. Darüber hinaus sind die Rote Liste-Daten dieser und weiterer Organismengruppen in den Downloadbereichen dieser Website abrufbar: Wirbeltiere, Wirbellose Tiere, Pflanzen, Pilze und Flechten.
Rote Listen sind weit mehr als Tabellen mit Namen und standardisierten Kürzeln. Jede Rote Liste wird zusammen mit einem ausführlichen Begleittext veröffentlicht, der die verwendeten Datengrundlagen und die gruppenspezifischen Besonderheiten bei der Gefährdungsanalyse transparent macht. Dazu gehört auch die Dokumentation der Veränderungen in der taxonomischen Checkliste, also etwa Hinweise zu neu aufgenommenen oder erstmals differenziert bewerteten Arten. Auf die Haupttabelle, quasi den Kern jeder Roten Liste, folgen die artspezifischen Kommentare sowie eine Bilanzierung und Auswertung der Gefährdungsanalyse.
Für die Naturschutzpraxis besonders wichtig ist ein Kapitel, das die relevanten Gefährdungsursachen diskutiert und Maßnahmen benennt, wie diese abgestellt oder in ihrer Wirkung gemildert werden können. Jeder Begleittext listet außerdem die im Text zitierte Fachliteratur auf. Fotos, Grafiken und Tabellen veranschaulichen die wichtigsten Ergebnisse und zeigen Beispiele typischer Arten und Gefährdungsphänomene.