Bis weit in das 20. Jahrhundert hinein wurden die Echten Pilze dem Reich der Pflanzen zugeordnet. Heute weiß man jedoch, dass sie stammesgeschichtlich sogar näher mit den Tieren verwandt sind und ein ganz eigenes Reich bilden. Traditionell werden in der Pilzkunde (Mykologie) neben den Echten Pilzen auch einige weitere Gruppen untersucht. Aufgrund ähnlicher Eigenschaften und Lebensweisen fallen darunter beispielsweise die Schleimpilze und die Eipilze.
Flechten sind symbiotische Lebensformen aus Algen und Pilzen. In einigen Fällen finden sich anstelle des Algenpartners Cyanobakterien, in anderen gehen Algen gemeinsam mit Cyanobakterien eine Symbiose mit dem Pilz ein. Da der Pilz meist die äußere Form bestimmt, werden die Flechten ebenfalls meist in diesem Fachgebiet behandelt. In Deutschland gibt es etwa 2.000 Flechtenarten und vermutlich mehr als 65.000 Arten der Echten Pilze und pilzähnlichen Organismen.
Bislang liegen Rote Listen für die Großpilze, Schleimpilze und Flechten vor. Eine aktuelle Rote Liste für die Gruppe der phytoparasitischen Kleinpilze ist derzeit in Arbeit.