Die in den Roten Listen Deutschlands betrachteten Lebewesen werden zu vier informellen Hauptgruppen zusammengefasst: (1) Wirbeltiere, (2) wirbellose Tiere, (3) Pflanzen sowie (4) Pilze und Flechten. Ihnen sind Einzellisten für mehr als 60 verschiedene Organismengruppen zugeordnet, die von zahlreichen Expertinnen und Experten erstellt wurden.
Die wirbellosen Tiere bilden mit aktuell 49 untersuchten Organismengruppen – darunter beispielsweise Bienen, Heuschrecken oder Regenwürmer – die größte Hauptgruppe. Die zweitgrößte Gruppe ist die der Pflanzen mit sieben Organismengruppen: Farn- und Blütenpflanzen, Moose und diverse Algengruppen. Die Wirbeltiere sind in sechs Roten Listen erfasst, Pilze und Flechten in drei.
Auf der Website des Rote-Liste-Zentrums ist zu jeder untersuchten Organismengruppe eine separate Gesamtartenliste verfügbar. Diese Listen geben nicht nur Auskunft über die in Deutschland lebenden Arten, sondern liefern auch Informationen zu deren möglicher Gefährdung.